Um site costuma priorizar comunicação e presença pública. Já um portal normalmente concentra conteúdo, serviços ou operações para públicos específicos e pode exigir autenticação, permissões, integrações e regras de negócio.
Essa diferença não é absoluta: um mesmo projeto pode ter uma área pública institucional e uma área restrita funcionando como portal. O nome é menos importante do que a estrutura necessária. A Ilex define arquitetura a partir de usuários, informações, ações e nível de controle exigido.